Ακόμη όρθιες, οι κολώνες του Θησείου φέρουν τα ίχνη εικοσιπέντε αιώνων γεμάτων γεωλογικές και ιστορικές αναστατώσεις. Παρά τα εμφανή σημάδια που τους άφησαν αμέτρητοι σεισμοί, επιδρομές, ακόμη και οι σφαίρες του εμφυλίου, οι κίονες αυτοί στηρίζουν ακόμη τον καλύτερα διατηρημένο ναό της Ελλάδας.
Παλιά πιστευόταν ότι ήταν ναός του Θησέα. Προσεκτικότερη μελέτη των αρχαιολογικών δεδομένων και των γραπτών πηγών αποκάλυψε ότι εκεί λατρευόταν η Αθηνά Εργάνη και ο Ήφαιστος, προστάτες των τεχνιτών που εργάζονταν εκεί κοντά.